EU on turvannut junamatkustajille tiettyjä oikeuksia EU:n alueella. Liikenteen turvallisuusvirasto Trafin mukaan Suomessa junamatkustajan oikeudet koskevat kotimaan kaukoliikennettä. Oikeuksia ei sovelleta Suomen ja Venäjän väliseen liikenteeseen ja pääkaupunkiseudun lähiliikenteeseen niitä sovelletaan vain osittain. EU:n komission mukaan EU-maat voivat itse päättää, koskevatko junamatkustajien oikeudet myös kotimaanliikenteen junia sekä sellaisia kansainvälisiä junia, joiden lähtö- tai määräasema on EU:n ulkopuolella.
Jos junavuoro peruutetaan tai se myöhästyy, on matkustajalla EU:n komission mukaan oikeus saada odottaessaan riittävästi tietoa siitä, mitä tapahtuu. Jos junavuoron ilmoitetaan saapuvan lopulliseen määränpäähän vähintään tunnin myöhässä aikataulusta, voi matkustaja Trafin mukaan valita kahdesta vaihtoehdosta: hän voi joko vaatia lipusta maksetun hinnan palauttamista tai matkan uudelleenreititystä vastaavilla kuljetusehdoilla. Kuljetus lopulliseen matkakohteeseen tulee EU:n komission mukaan järjestää matkustajalle niin nopeasti kuin mahdollista, tai myöhempänä matkustajan itse valitsemana ajankohtana. Kun juna myöhästyy yli tunnin, on matkustajalla Trafin mukaan oikeus saada virvokkeita ja aterioita kohtuullisessa suhteessa odotusaikaan. Tarvittaessa matkustajalla on myös oikeus saada rautatieyhtiön järjestämä majoitus.
Mikäli matkustaja päättää jatkaa matkaansa samalla junavuorolla tai korvaavalla rautatieyhtiön järjestämällä kulkuneuvolla, voi hänellä Trafin mukaan olla oikeus korvaukseen. Jos juna myöhästyy pääteasemalta 1-2 tuntia, korvaa rautatieyhtiö matkustajalle 25 % lipun hinnasta. Mikäli juna myöhästyy yli 2 tuntia, on korvauksen määrä 50 % lipun hinnasta. Korvausta ei EU:n komission mukaan kuitenkaan makseta, jos myöhästymisestä on ilmoitettu matkustajalle ennen lipun ostamista.
Jos matkustajan kirjattu matkatavara katoaa tai vahingoittuu matkan aikana, on matkustaja EU:n komission mukaan oikeutettu enintään 1.300 euron suuruiseen korvausmäärään kirjattua matkatavaraa kohti, jos hän kykenee todistamaan rautatieyhtiölle matkatavaransa sisällön arvon. Jos matkustaja ei voi todistaa tavaroiden arvoa, on korvausmäärä enintään 330 euroa kirjattua matkatavaraa kohti. Korvausta ei kuitenkaan voi saada, jos matkatavara on ollut kuljetukseen sopimaton, virheellisesti pakattu tai muuten erityislaatuinen.